VÚKV a.s. je výzkumnou organizací jmenovanou Radou vlády pro výzkum, vývoj a inovace České republiky. Proto důležitou součástí činnosti je aplikovaný výzkum jak v rámci grantových projektů, tak v rámci smluvního výzkumu. Výzkum běží prakticky v celé šíři mechanické části kolejových vozidel.
Je zaměřen především na oblast pojezdů a skříní kolejových vozidel. Jsou zkoumány jízdní vlastnosti kolejových vozidel, vzájemné účinky vozidla a dopravní cesty nebo vzájemné účinky vozidla a okolí, otázky pevnosti, pasivní bezpečnosti, brzdy a pohonů. Předmětem výzkumu jsou také rozhraní mezi kolejovými vozidly a infrastrukturou. Jedná se např. o aerodynamické efekty nebo poměry mezi kolem a kolejnicí. Výzkum se provádí nejen pomocí simulačních metod, ale i prostřednictvím experimentů. Toto propojení usnadnilo vypracování nových vývojových a zkušebních postupů a technologií, které umožnily VÚKV a.s. nabízet zákazníkům nové služby a zároveň zákazníkům realizovat a ověřit si nová konkurenceschopná kolejová vozidla.
Jedním z příkladů aplikovaného výzkumu je experimentální úzkorozchodné vozidlo s nezávisle otáčivými a poháněnými koly, které se dosud využívá pro výzkum a výuku Dopravní fakulty Jana Pernera Univerzity Pardubice. Vozidlo vzniklo v letech 2011-14 v rámci grantové úlohy Výzkum jízdních vlastností a řízení pohonů trakčních kolejových vozidel s nezávisle otáčivými koly a umožnilo ověřit a optimalizovat kromě jiného řízení individuálních pohonů tramvaje 15T. Jinou zajímavou zakázkou, kterou zkušebna VÚKV a.s. získala díky výsledkům aplikovaného výzkumu, byly stacionární zkoušky nové tramvaje pro kanadskou Ottawu.