Nejvýznamnějšími novinkami mezistátních jízdních řádů pro rok 2017 je významné, téměř hodinové zrychlení cesty z Prahy do rakouského Lince. Českým drahám se podařilo také domluvit nové noční spojení Prahy a Curychu přes Rakousko, poté co DB ruší své noční spoje. Novinkou bude také nový sezónní denní expres spojující turisticky atraktivní města Prahu a Krakov.
Podstatně se také rozšiřuje přímé spojení Ostravy se středním Slovenskem. V Ostravě jsou zajištěny přípoje do ostatních částí České republiky. Národní dopravce České dráhy v oblasti mezistátní dopravy spolupracuje se zahraničními dopravci. Vedení mezistátních spojů tak na rozdíl od třetích dopravců představuje dohodu více kooperujících partnerů.
Podstatným způsobem je zrychlena a rozšířena doprava na trati Praha – České Budějovice – Linec. Počet vlaků bude z pěti rozšířen na osm s pravidelným intervalem mezi vlaky obvykle v délce 4 hodiny. Navíc se téměř o hodinu zkracuje cestovní doba mezi Prahou a Lincem. Zatímco nyní trvá cesta bez deseti minut celých 5 hodin, nově jen o několik minut překročí 4 hodiny. V Linci budou mít cestující lepší přípoje ke spojům do středního, jižního a západního Rakouska, Švýcarska a s přestupem v dalších místech Rakouska také do Slovinska nebo do Itálie.
Nově přes České Budějovice a Rakousko bude vedeno přímo noční spojení Prahy a Curychu. Po zrušení nočních vlaků DB hrozil zánik tohoto spojení. České dráhy se dohodly na celoročním vedení přímého komfortního lůžkového vozu v trase Praha – České Budějovice – Linec – Curych, který bude sezónně doplněn ještě o jeden oddílový vůz 2. třídy.
V relacích do / z Německa dochází ke změnám především v souvislosti s ukončením provozu nočních vlaků u DB. Proto bude ukončen provoz přímých lůžkových vozů do Kolína nad Rýnem a přímé spojení do Curychu bude přesměrováno přes rakouský Linec. Noční vlak EN/CNL Kopernikus Praha – Lipsko – Praha bude zachován jako vlak EuroCity na okraji dne pouze s vozy s místy k sezení a v obdobných cestovních časech, jako jezdil dosud. V úseku Děčín – Lipsko vlak nepojede pouze v sobotu večer tam a v neděli ráno zpět, v úseku Praha – Děčín a zpět bude jezdit denně. Cestující do oblasti Porýní a Porúří, např. do Kolína nad Rýnem, mohou nadále využívat denní spoje s přestupem v Drážďanech nebo v Berlíně.
Po loňském výrazném rozšíření spojení České republiky s Polskem zůstává nabídka spojení k našim severním sousedům stabilní bez významných změn. Dvě změny představují drobné omezení jízdy vlaku EC Comenius Ostrava – Varšava – Ostrava, který nově nepojede z Polska v sobotu večer a do Polska nepojede v neděli časně ráno. Významnější novinkou bude sezónní přímý denní expres Cracovia Praha (10:22 hod.) – Krakov (17:21) / Krakov (10:42 hod.) – Praha (17:39 hod). Tento vlak pojede na území České republiky celoročně v trase současného expresu Hukvaldy, z Ostravy však bude nově pokračovat od poloviny dubna do konce září v nové trase do Krakova, místo stávajícího směřování do Žiliny.
K jedněm z největších změnám v mezistátním jízdním řádu dochází ve spojení se severním a středním Slovenskem přes železniční pohraniční přechod Mosty u Jablunkova – Čadca. Místo dosavadních spojů expresní linky Praha – Ostrava – Žilina v přibližně dvouhodinovém intervalu tam budou nově jezdit v prokladu spoje dvou linek, které zajistí přímé spojení Praha – Ostrava – Žilina a Ostrava – Žilina – Banská Bystrica / Zvolen. Tyto spoje budou mít v Ostravě přípoje na návazné vlaky do / z Prahy a Brna. Vlaky mezi Ostravou a Žilinou tak budou jezdit v průběhu dne v přibližném intervalu jedna až tři hodiny. Zavedením těchto vlaků dochází k obnovení denního přímého vlakového spojení České republiky s turisticky atraktivní oblastí středního Slovenska. Soupravy nových spojů Ostrava – Žilina – Banská Bystrica / Zvolen budou sestaveny z modernizovaných, komfortních, klimatizovaných vozů slovenské společnosti ZSSK a nabídnou i přepravu jízdních kol nebo osob na vozíku.
K malým změnám dochází u noční dopravy a týkají se vedení přímých lůžkových vozů. Obnoven bude provoz přímého lůžkového vozu v relaci Košice – Praha – Plzeň – Cheb a zcela nově bude zaveden přímý lůžkový vůz v trase Prešov – Košice – Zvolen – Bratislava – Brno a Košice – Ostrava – Břeclav – Vídeň. Ve směru na jih Slovenska a do Maďarska nedochází k žádným významným změnám kromě několikaminutových posunů v čase odjezdu nebo příjezdu v některých stanicích. Ostatní spoje
I nadále bude zachováno přímé spojení Prahy a Moskvy lůžkovými vozy RŽD, nově však prostřednictvím samostatného vlaku Vltava pouze v trase Moskva – Bohumín a přepravou přímých vozů do / z Prahy na vnitrostátním expresu Hutník.